Alle activiteiten van Commerce One zullen worden geïntegreerd in die van het relatief onbekende Perfect Commerce, een Amerikaanse fabrikant van on demand inkoopsoftware.

Commerce One wordt gezien als een van de grondleggers van de e-commerce en is groot geworden met b2b-marktplaatsen. Eind 2002 bleek echter dat er geen geld viel te verdienen met deze 'exchanges'.

In december 2002 nam het bedrijf afscheid van zijn marktplaatsactiviteiten door Commerce One.net van de hand te doen en probeerde het zichzelf te herpositioneren als ontwikkelaar van integratiesoftware.

Ook dit wilde niet lukken, waarna het bedrijf in 2004 het leeuwendeel van zijn werknemers moest ontslaan. Niet veel later vroeg het bedrijf ook faillissementsbescherming aan.

Eind 2004 zag Commerce One zich genoodzaakt een deel van zijn patenten te veilen. De ongeveer veertig webservicespatenten die toen zijn geveild, leverden zo'n 15,5 miljoen dollar op.