In de nieuwe software zullen zaken als encryptie- en filtertechnieken worden ingebouwd. Ook zullen enkele standaardinstellingen verbeterd worden. Tot slot verbetert Microsoft in Exchange Server 2003 de mogelijkheden voor anti-virusbedrijven om virussen en spam te bestrijden. Anti-virusbedrijven krijgen meer mogelijkheden om besmette berichten te verwijderen, uitgaande mail te scannen en berichten terug te sturen naar mensen die virussen versturen. Ook zal het mogelijk worden om een binnenkomend bericht een cijfer mee te geven, zodat de ontvangers kunnen zien of het gaat om spam. De anti-spam en anti-virusmaatregelen maken onderdeel uit van het Trustworthy Computing programma, waarmee Microsoft vorig jaar begon. Het softwarebedrijf zegt sindsdien werk te maken van het verbeteren van de beveiliging van zijn software.