Als we de computerbouwer mogen geloven wordt Deep Blue gereduceerd tot een simpel kastje. De Deep Blue van IBM verwierf een jaar of twee terug wereldwijde faam door schaakkampioen Gary Kasparov te verslaan in een rechtstreeks schaakduel. Deze overwinning werd – nogal overdreven - gevierd als de zege van de machine over de mens. Blue Gene heeft een andere schone taak. De supercomputer zal ingewikkelde biologische processen gaan simuleren waarmee huidige computers nog niet kunnen omgaan. Zo wordt het mogelijk een gigantische hoeveelheid genetische data in te voeren waarmee Blue Gene aan de slag gaat. Het apparaat zal 500 keer zo snel worden als de huidige supercomputers, 1000 keer zo snel als Deep Blue en twee miljoen keer zo snel als huidige desktops. Volgens de Wall Street Journal is Blue Gene niet alleen een doorbraak in de computerindustrie, maar helpt het apparaat ook om ons inzicht in biologische processen te vergroten. Met name gaat het dan om het gedrag van proteïnen in het menselijk lichaam en hoe medicijnen zich aan proteïnen binden. Op deze manier zou Blue Gene de ontwikkeling van nieuwe medicijnen kunnen versnellen. Biologen en computerdeskundigen zijn zeer enthousiast over het initiatief. Volgens hen zijn de beoogde toepassingen een stuk nuttiger dan die van haar illustere voorganger.