Windows 2000, opvolger van Windows NT, bevat een defragmentatieprogramma genaamd Diskeeper. Dit is gemaakt door het bedrijf Executive Software, waar fanatiek Scientology-lid Craig Jensen directeur van is. Dit ontdekte het gezaghebbende Duitse computermagazine C'T. Op zijn homepage vertelt Jensen hoe hij in aanraking kwam met Scientology en mede daardoor een bloeiend softwarebedrijf op poten zette. In 1992 opende het bedrijf een vestiging in Duitsland, waar het alleen Scientology-leden in dienst nam. Computervaardigheden waren niet belangrijk. In Duitsland wordt de Scientology-beweging als een sekte beschouwd en is daarom verboden. Met het integreren van Diskeeper in Windows 2000 schrikt Microsoft op zijn minst een paar grote klanten af. De Duitse katholieke kerk heeft al laten weten Windows 2000 niet te kopen, omdat het daarmee de Scientology-beweging zou financieren. Een defragmentatieprogramma heeft toegang tot alle gegevens op de harde schijf om ze te reorganiseren. Veiligheidsexperts zijn bezorgd over het feit dat software van een Scientology-bedrijf die onbeperkte toegang krijgt. Wat Microsoft gaat doen is nog niet duidelijk. Als Windows 2000 echt wordt geboycot in Duitsland kan dat voor de softwaregigant reden zijn om maatregelen te nemen.