Geïnteresseerden kunnen zich bij Microsoft aanmelden om de bèta van Microsoft Commerce Server 2006 te evalueren. De introductie van de definitieve versie, de eerste upgrade van het product sinds de lancering in 2002, staat gepland voor juli.

De nieuwe versie bevat onder meer adapters voor BizTalk Server zodat het e-commercesysteem kan worden gekoppeld aan financiële applicaties als SAP en JD Edwards. Ook zal de software andere BizTalk-adapters bevatten voor de integratie met order-, voorraad- en catalogussystemen.

Met Commerce Server 2006 kunnen bedrijven gegevens beheren en delen op basis van soap (simple object access protocol), een webservicesstandaard. Ook kan informatie uit systemen van partners worden verzameld en desgewenst worden uitgewisseld met andere partners.