Windows CE .Net biedt ondersteuning voor Bluetooth en 802.11x draadloze technologie├źn. Het besturingssysteem is voorzien van Microsofts .Net Compact Framework, een softwareplatform waarmee ontwikkelaars applicaties kunnen bouwen die kunnen communiceren met webservices. Dit raamwerk ondersteunt Visual Basic .Net en Visual C#.Net. Ook heeft Microsoft de grootte van het besturingssysteem flink weten te verkleinen. De .Net uitvoering telt nu 210 Kb, Windows CE 3.0 vroeg nog 400 Kb. Volgens Microsoft kan de software hierdoor ook worden gebruikt in kleinere apparaten, die veelal ook minder geheugen hebben.