Voor Flight Simulator 98, net enkele weken uit, heeft Microsoft een programma uitgebracht waarmee je vliegtuigen en avonturen uit de vorige versies kunt omzetten naar het bestandsformaat dat in de nieuwe editie wordt herkend. Tegelijkertijd haalt het programma volgens FS-expert Johan van Cranenburgh ongeveer 20 bugs uit Flight Simulator 98. Op zijn homepage spreekt Van Cranenburgh dan ook van de tweede, onofficiële patch voor de vliegtuigsimulator. De 'converter' neemt ingepakt 1, 5 MB ruimte op de harde schijf in beslag. De patches verhelpen o.a. bugs in de multiplayer mode van FS 98, problemen met de 'scenery' van Londen, foute aflezingen van brandstofmeters voor vliegtuigen met grote tanks en een bug in het geluid van neerstortende vliegtuigen (heel belangrijk!). Microsoft bracht al eerder een officiële patch uit voor de laatste versie van Flight Simulator 98 (3 MB). Op het programma is van verschillende zijden kritiek geuit, omdat de nieuwe versie vooral uitbreidingen biedt voor 3D-grafische versnellingskaarten en vliegen via het Internet. Ook is het product vrijwel volledig gericht op de Amerikaanse markt, met amper vliegvelden in Europa en Azië. Kritiek is er ook op het ontbreken van een fatsoenlijke handleiding.